عمل إلياس الفخفاخ عدة سنوات في شركة طوطال النفطية في تونس ثم في بولونيا، وفي سنة 2006 التحق بـ "كورتريل" المتخصص في قطع السيارات إلى حدود ديسمبر 2011 حين انخرط في الحياة السياسية بعد أن التحق بحزب التكتل الديمقراطي مـن أجل العمل والحريات.

تولى حقيبة السياحة ثم المالية في حكومة حمادي الجبالي، وفي مارس 2013 وقع تعيينه مجددا على رأس وزارة المالية في حكومة علي العريض.

وفي سنة 2019، خاض الانتخابات الرئاسية وخسر السباق منذ الدور الأول.